英語で「～したと思った」や「～したと思っていた」
英語で「（～が）～したと思った」や「～したと思っていた」は「I thought 主語+動詞の過去形」の形になります。
これは主に「～だと思った（のに実際は違っていた）」ことを表しています。
そこから、文脈によっては「だと思ったのに」や「だと思ったけど」と訳した方が自然になる場合もあります。
I thought we won.
勝ったと思った。
勝ったと思ったのに。
→勝ったと思った（けど勝ってなかった）
I thought you knew that already.
あなたはもう知ってると思ってた。
→もう知ってると思ってた（けど違った）
過去進行形の場合
過去進行形の場合は「～している最中だと思っていた」か「～する予定だと思っていた（※予定を表す進行形）」を表します。
I thought you were sleeping.
寝てると思ってた。
→寝てると思ってた（けど寝てなかった）
I thought you were coming to the party.
パーティーに来ると思ってたのに。
→あなたはパーティーに来る予定であったと思っていた（のに来なかった）
その他の例文
I thought we had more time.
もっと時間があると思ってた。
I thought he lived in Tokyo.
彼は東京に住んでいると思ってた。
I thought the meeting was yesterday
会議は昨日だと思ってた。
I thought you were working today.
今日は働いてると思ってた。
I thought you were kidding.
冗談を言っているのかと思ってた。
以上のように、「I thought 主語 過去形 or 過去進行形」の形で「（主語が）～したと思った / 思っていた」と言うことができます。
FF9の例文
I thought we defeated them!
「あいつらを倒したと思ったのに！」
この文は「あいつらを倒したと思ったのに（まだ生きていた）」となります。
次のセリフも同じです。
Thank goodness, you're alive!
We thought you were dead!
「よかった、生きてる！ 死んだかと思ったよ！」
「～じゃなかった？」の意味
他にも、「～思っていた」の意味から「～してたんじゃなかった？」や「～するんじゃなかった？」のニュアンスでも使われます。
I thought you were on a diet.
ダイエットするんじゃなかった？
直訳だと「私はあなたがダイエットをしていると思っていた」です。
しかし、「ダイエットしてると思ったんだけど」や「ダイエットするって言ってなかった？」というニュアンスで使われており、相手を咎めるニュアンスが含まれる場合もあります。
次の例文も同じです。
I thought you were busy today.
今日は忙しいんじゃなかった？
直訳だと「忙しいと思っていた」ですが、これも「忙しいんじゃなかったっけ？」のニュアンスを持ちます。
文脈によっては「忙しいと思ってたんだけど、全然忙しくなくない？」という咎めるニュアンスで使われることもあります。
このような使い方は日本語と同じです。
「I thought 主語 had +過去分詞」の意味
「I thought 主語 had +過去分詞」という過去完了が使われる場合は、「思った」ときよりも前の出来事を表します。
日本語訳としては「（主語は）～していたと思った」です。
I thought he won.
彼が勝ったと思った。
I thought he had won.
彼が勝っていたと思った。
ただ、実際にはどちらの意味でも「I thought （主語）+動詞の過去形」の形で使われることが多々あります。
何故なら、日本語と同じで文脈から理解できるからです。
完了形が「I thought （主語）+動詞の過去形」になる
例えば、「もう帰ったのかと思ってたよ」と言う場合。
「帰った」のは「思った」よりも前なので、文法的には「I thought you had already left.」が正しいです。
言い換えると「あなたは既に帰っていたと思った」です。
しかし、状況的に「I thought you already left.」と言っても理解できます。
日本語でも、「もう帰ってたと思ったわ / もう帰ったのかと思っていたわ」を「もう帰ったと思ったわ」と言っても、言わんとする内容は実質同じなのと一緒です。
ただし、時制の違いを明確にしたい場合は過去完了を使う方が誤解がありません。
まとめ
・「（～が）～したと思った」や「～したと思っていた」は「I thought 主語 +動詞の過去形 or 過去進行形」
・主に「～だと思った（のに実際は違っていた）」ことを表す
・文脈によっては「～したと思ったのに」や「思ったけど」と訳した方が自然になる
・「～してたんじゃなかった？」や「～するんじゃなかった？」のニュアンスでも使われる
・「～じゃなかった？」と相手を咎めるニュアンスが含まれることもある
・「I thought 主語 had +過去分詞」は「思った」ときよりも前の出来事を表す
・意味は「（主語は）～していたと思った」
・過去完了の文でも「I thought （主語）+ 動詞の過去形」になることが多い
