「in spite of ～」の意味は「～にもかかわらず」。
類語は「despite」。
受験英語でもお馴染みのフレーズです。
しかし、「in spite of oneself」の形になると、違った意味になります。
in spite of oneself の意味
「in spite of oneself」には、
・思わず
・つい
・知らないうちに
という意味があります。
何故このような意味になるのかは、「oneself」の意味から考えると分かりやすくなります。
例として、「In spite of myself」を見てみます。
In spite of myself の意味
「In spite of myself」を直訳すると「私自身にもかかわらず」になります。
この「私自身」を「私自身の意思」と考えて、「私の意思に関係なく」や「私の意思に反して」と考えるのが一番分かりやすいと思います。
そこから、「思わず」や「つい」の意味が生まれます。
他にも、「myself」には「普段の私」や「本来の私」という意味もあります。
I'm not myself today.
→今日はいつもと違う（＝本調子ではない）。
そこから「普段の私にもかかわらず（＝普段の自分ならそうならないけど）」と考えてもいいと思います。
いずれも普段の自分の枠外にあるイメージになり、「In spite of oneself」で「思わず」「知らないうちに」「つい」という意味になります。
in spite of oneself の例文
I laughed in spite of myself.
→思わず笑った。
She smiled in spite of herself.
→彼女は思わず微笑んだ。
I cried in spite of myself.
→思わず泣きました。
I like this song in spite of myself.
→知らないうちにこの曲が好きになっていました。
In spite of myself, I've learned to spell this word.
→知らないうちにこの単語の綴りを覚えていた。
Look out! I cried out in spite of myself when a boy, chasing a ball, ran out in front of a speeding dump truck and came close to being run over.
→男の子がボールを追いかけて飛び出し、スピードを出して走っていたダンプカーにひかれそうになった時、私は思わず「危ない！」と叫んだ。
（ALL IN ONE 例文165 より）