second nature の意味
「second nature」の意味は「考えずに自然にしてしまうこと」です。
例えば、何度も練習した英語のフレーズは自然と口から出たり、聞き取れるようになったり。
「こんにちは」と言われた時に自然と「こんにちは」と返したり。
そのような「考えなくても自然にできること」を「second nature」と言います。
他には、自然と行っている習慣などにも使われます。
例文
I used to hate computers, but using them is second nature to me now.
以前はコンピューターが嫌いだったが、今ではそれを使うことは私にとって自然になっている。
（引用：Cambridge Dictionary）
nature の意味
名詞「nature」は「自然」という意味ですが、それ以外に「性質」や「本質」の意味もあります。
そこから、「second nature（第二の性質）」は「後天的に得た性質」というイメージになります。
Habit is second nature.の意味
「Habit is second nature.」の意味は「習慣は第二の性質になる」で、「習い性（ならいせい）となる」のニュアンスがあります。
「習い性となる」は「日頃から繰り返している習慣は、やがて生まれ持った性質のようになる」という意味があります。
つまり、「Habit（習慣）は second nature（第二の性質）になる」です。
これは英語学習にも通ずるところがあります。
