Don't judge a book by its cover. の意味
「Don't judge a book by its cover」を直訳すると「本の表紙で本（の中身や良し悪し）を判断するな」です。
つまり、「見かけで判断してはいけない」という日本語と同じ表現です。
英語では比喩表現として「本」を使っていますが、同じくモノを使った日本語のことわざに「椀より正味」というのがあります。
これは「お椀で判断するのではなく、中身（の料理）で判断する」という意味です。
このような表現は英語・日本語に限らず、他の言語にも似たような表現があるようで、世界共通の認識とも言えます。
「人」を目的語に入れるパターン
他にも、目的語に「人」を入れることができます。
Don't judge people by appearances.
→人を外観（見かけ）で判断するな。
また、単純に「Don't judge by looks.（見た目で判断するな）」と言うこともできます。
ドラクエ8の「Judging a book by its cover.」
Hmph! Judging a book by its cover! Don't they know it's what's inside that counts!?
「ふん、見た目で判断しおって！ 中身が大事であると奴らは知らんのか？」
「count」は「重要である」という動詞です。
キング牧師のスピーチ
I have a dream that my four little children will one day live in a nation where they will not be judged by the color of their skin but by the content of their character.
「私には夢がある。いつの日か、私の幼い4人の子供たちが肌の色ではなく、人格（人柄や個性、性格など）の中身によって判断（評価）される国に住むという夢である」
これはキング牧師の有名な「私には夢がある」というスピーチの一節です。
このように、by 以下に具体的なものを入れて使うこともあります。
※ not A but B → AではなくB