bottom line の意味
「bottom line」を直訳すると、「一番下の線」です。
この線が何を指しているのかというと、「決算表の一番下」で、ビジネスで使われる「ボトムライン」もここから来ています。
そして、決算表の一番下には損益や収支決算（総決算）が書かれていることから、「bottom line」に話の結論や要点を表す意味が生まれました。
似たような日本語に「帳尻」があります。
これも帳簿の最後の部分（決算）を合わせたり、合わなかったり。
そして、「bottom」には「お尻」という意味もあります。
意味としては若干違いますが、日本語と英語で同じような使われ方をするのがとても面白いです。
The bottom line is の意味と使い方
以上のことから、「The bottom line is ～」の意味は
・要は～
・結論は～
・大事なのは～
となります。
主に that 節が続き、「The bottom line is that ＋文」の形で使われます。
頻度は下がりますが、「The bottom line is, ＋文」と、コンマで繋げるパターンもあります。
そして、that節の that は会話ではよく省略されるため、口語的には「The bottom line is ＋文」となります。
The bottom line の例文
The bottom line is that there are lots of ways.
→結論から言うと、沢山の方法があります。
The bottom line is that we need to come up with a solution by tomorrow.
→要するに、明日までに解決策を考え出す必要があります。
The bottom line is I'm fine.
→結論から言うと、私は大丈夫です。
The bottom line is that you love her.
→要するに、彼女を愛しているんでしょ。
The bottom line is, I don't trust her.
→結論から言うと、彼女を信じていません。
What is the bottom line?
→要はどういうことですか？
（＝何が言いたいんですか？）
The bottom line is that I want to break up with her.
→要は彼女と別れたいってことよ。